Cuando fracasa el tratamiento médico (incluso en combinación) y la enfermedad avanza, existe la posibilidad del trasplante pulmonar, siempre y cuando otras condiciones del paciente como la edad, otras enfermedades asociadas etc. no lo contraindiquen. En ocasiones, para intentar mejorar la situación de cara al trasplante se puede realizar una intervención mediante catéteres que consiste en realizar un pequeño agujero al septo ínter auricular, que es el que se para las dos aurículas del corazón, para favorecer el paso de sangre desde la aurícula derecha hacia la aurícula izquierda y que se denomina septostomía auricular. Este cortocircuito, en pacientes seleccionados, puede mejorar los síntomas de insuficiencia cardiaca

Cuando los pacientes presentan hipertensión pulmonar trombo embolica crónica, que es la situación derivada de trombo embolismos de repetición que ocluyen las arterias proximales del pulmón (grupo 4 de la clasificación de Venecia), se pueden beneficiar de la cirugía de extracción de los trombos o endarterectomía pulmonar. Esta técnica se debe realizar en centros con cirujanos cardiacos con experiencia, y la selección de pacientes también se debe realizar en estos centros.